Биодизелът е по-опасен за околната среда в сравнение с конвенционалния дизел или бензин. Това е доказано от проучване на холандската фирма CE Delft, поръчано от „Грийнпийс“. Според резултатите, почти всички видове биодизел и етанол имат много по-вредно въздействие върху природата от обикновения бензин.
Изследването е отчитало емисиите на CO2 в атмосферата при изгарянето на различни горива; площта, необходима за неговото производство, както и количествата тор, необходими за отглеждане на суровини за биогорива.
Проучването е установило, че най- екологичното гориво за автомобилите е метанолът, произведен от глицерин; биометанолът, произведен от дървесни отпадъци, както и електроенергията, произведена от възобновяеми източници.
