Преди това християнството и християнската църква страдаха както от външен враг – римските императори, така и от вътрешни борби, основани на теологични различия: различни тълкувания на свещените текстове, признаването или непризнаването на определени текстове за свещени и т.н.
Специален църковен съд на Католическата църква, наречен Инквизиция, е създаден през 1215 г. от папа Инокентий III. Църковен трибунал, натоварен с „откриването, наказването и предотвратяването на ересите“, е създаден в Южна Франция от Григорий IX през 1229 г.
Тази институция достига своя зенит през 1478 г., когато крал Фердинанд и кралица Изабела, със санкцията на папа Сикст IV, създават испанската инквизиция.
Основната задача на инквизицията е да определи дали обвиняемият е виновен в ерес. От края на 15-ти век, когато идеите за масовото присъствие на вещици, които са сключили споразумение със злите духове сред обикновеното население, започват да се разпространяват в Европа, процесите на вещици започват да попадат в неговата компетентност.
В същото време по-голямата част от присъдите за вещици са били постановени от светски съдилища в католически и протестантски страни през 16-ти и 17-ти век.
Резултатите от изтребителната дейност на испанската инквизиция само в периода от 1481 до 1498 г. се изразяват в следните цифри: около 8800 души са изгорени на клада; 90 000 души са подложени на конфискация на имущество и църковни наказания.
Испанската инквизиция в Холандия е създадена от Карл V през 1522 г. за борба с протестантите. А през 1523 г. първите двама протестантски мъченици са изгорени на клада в Антверпен. Взети са най-строги мерки за борба с протестантите от всички нива.
А някои от решенията на инквизицията – като смъртната присъда за всички (!) жители на Холандия (разбира се, невлязла в сила) останаха като своеобразни любопитни факти на историята.
Въвеждането на инквизицията в Испанска Холандия е една от причините за Холандската революция от 1566–1609 г., в резултат на която Холандия се разделя на протестантска и католическа държава.